La Junta para Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas creó una serie de centros con el fin de facilitar los medios para la investigación y el trabajo de científicos y artistas, a cuya formación contribuía, además, con las pensiones para estudiar en España o en el extranjero.

La creación de esos centros comenzó en 1910. Básicamente fueron cuatro. Uno dedicado a las Humanidades, el Centro de Estudios Históricos; un segundo a las ciencias Físicas y Naturales, el Instituto Nacional de Ciencias Físicas y Naturales. Ambos, a su vez, agruparon a muchos otros y dieron, también, origen a varios nuevos. Un tercero se dedicó al alojamiento de los estudiantes, la Residencia de Estudiantes (masculina y femenina), que además contó con laboratorios en sus instalaciones, y el cuarto fue el Instituto-Escuela de educación primaria y secundaria, que no se inauguró hasta 1918. El proceso de creación de centros se extendió a lo largo de toda la historia de la institución. En sus últimos años (1932 y 1933) se inauguraron el Instituto de Física y Química (el Rockefeller), el Instituto Cajal, cuyos orígenes estuvieron en los laboratorios del Instituto Nacional de Ciencias, y la Escuela de Estudios árabes de Granada, dedicada a las investigaciones humanísticas.